13. stoletje je bilo zaznamovano tudi z vojnami med Benetkami ter Genovo, ki je po 4. križarski vojni postala glavni trgovski tekmec Benetk, saj je imela razvejano trgovino v Palestini, v pristaniščih Črnega morja in drugod po vzhodnem Sredozemlju.
Benetkam je na začetku vojne slabo kazalo, saj so po dolgoletnem sporu morali podpisati mirovni sporazum. Kuga je Benečanom ter Genovežanom za katek čas preprečila bojevanje, vendar Genova v tistem času ni bila edini problem Benetk. Spopadali so se tudi s Padovo, Madžarsko in Avstrijo ter izgubili vse svoje dalmatinske kolonije. Preobrat z Genovo se je zgodil leta 1379, ko se je admiral genovske flote odločil, da bo Benetke izstradal. To je bila usodna napaka, saj so Benetke na ta način pridobile na času, ojačale obrambo in ladjevje in tako dočakale vrnitev svoje sredozemske flote, s pomočjo katere so premagale Genovo. Ko so v 15. stoletju Benetke ponovno postale uspešna trgovska velesila, je Genova začela neslavno propadati.